Да не надо избегать симметрии. В твоем случае это только информационное сообщение. На расчет оно не повлияет.
Изменять сечение струи теоретически можно, но для этого весь процесс придется разбить на отдельные этапы, используя на каждом этапе, например, <Mapping> или <Extract>. Но зачем такой гемор? Проще задавать переменные по времени скорость струи на входе или расход, эквивалентные изменению сечения струи.
Расчет останавливается скорее всего из-за плохой сходимости (посмотри log файл). Вероятнее всего плохая сетка. Если перебивать сетку "влом", попробуй уменьшить Курант (COURANT) хотя бы до 10-ти.