С нашим частым отключением электроэнергии - однозначно лучше NTFS - нет необходимости при каждом аварийном отключении долго и мучительно ждать пока система проверит диски. FAT32 нужна только для 98-й - чтоб старые игрушки запускать
Вы видно не сталкивались с ситуацией когда, на разделе NTFS слетают индексы. И слетают они обычно очень помногу....