Переустановка системы каждые два месяца свидетельствует или о неумении её использовать, или о том, что на компе ставятся дикие эксперименты. В первом случае - извините, надо учиться, а во втором - нечего жаловаться, для экспериментов надо использовать отдельную машину (ОС).
К вопросу о том, что лучше: выбор между NTFS и FAT32 равносилен выбору между платформой 9x и NT. Для совместимости с 98 годом, или, что скорее, с MS-DOS, так как это единственное, что NT не умеет делать так же полно, как и 9х. По-моему, так естественно лучше NTFS. Пробема сжирания оперативки и медленной работы весьма и весьма спорны, только если вы не держите открытыми "98%" файлов на компьютере одновременно. Если оперативки съедается, чаще всего, на самом деле, даже меньше (исходя из глубокого преимущества ФС построенных на i-узлах (NTFS) перед системами, построенными на таблицах (FAT32)), то время действия... ну, на самом деле, время загрузки i-узла при современных скоростях настолько мало, что заметить его можно, лишь сев около компа с секундомером, да и то, рядом с загрузкой программ чтения оно незаметно даже для таких "оригиналов". В общем, ФС NTFS является новым витком эволюции в развитии файловых систем, который, кстати, не обошёл и Unix-системы, так что её преимущества перед FAT32 неоспоримы.
К вопросу о долгом вращении головок диска, и тому подобных аппаратных проблемах: народ, это уже вопрос физического размещения данных, и эта проблема свойственна ЛЮБОЙ ФС (может, за исключением LFS - последней разработки в этой области). И решается она программой под названием дефрагментатор
)))