По поводу MySQL, а точнее, ее недостатки для использования в качестве базы данных у самописного приложения:
- САМЫЙ БОЛЬШОЙ: необходимость установки и настройки на стороне пользователя (т.е. нет готового решения для установки своего приложения и базы одним кликом). Нет такого функционала, как автозапуск базы при запуске приложения, как например у Firebird;
- не оптимальные настройки по умолчанию -- проблемы с производительностью для больших или нагруженных приложений, и необходимость настраивать конфигурацию под каждый сервер;
- сложность с резервным копированием и необходимость в использовании отдельной утилиты, причем аккуратно настроенной по правам (нельзя просто взять файлы базы и скопировать);
- не слишком надежная репликация (редко, но ломается, например, из-за сбоев с питанием или сетью).