А Вы не думали, что клиренс по крыше в 1мм вполне технологичен, т.е. задает возможность накопить ошибку при раскрое/ присадке деталей на этот самый 1мм, а изделие все равно соберется без того что будут видны некромкованные торцы переборки?
Если же Вам на технологичность как-то все равно, тогда идите в Настройки-Прикладные схемы-Угол (нажать + в списке слева)-Крышка наружная ДСП, Переборка ДСП (выбрать в том же списке, пркрутив прилично вниз)-Поставить клиренс 0 вместо -1 в окошке справа напротив Переборка ДСП-Нажать ОК.
Изменение в уже существующий стык автоматом не внесутся - для этого надо к.-л. деталь стыка перенести с опорной оси стыка на любую другую ось и обратно на опорную, тогда Дятел стык пересчитает и выставит правильные клиренсы.