По накатонному пути тоже ничего не вышло. Начал "копать".
Вот выдержка из раздела справки Ent:
PDFtoDjVu Known Issues
Text from OCR Layer Not Readable
PDF documents that contain text extracted from an OCR layer can not expose this text to the current version of pdftodjvu. No text is extracted. However, the hidden text layer can easily be regenerated in DjVu using djvujoin or djvubundle (standard tools in DocumentExpress Enterprise Edition) with the ocr option.
И действительно - установив галку OCR, в полученном djvu текст появился.
Далее опытном путем выяснилось:
не сохраняется слой OCR при кодировке в djvu у тех документов pdf, у которых текст расположен ПОД изображением. У тех где НАД, всё нормально. Как поменять такой порядок размещения в документе pdf, не выяснил.
Далее, даже если текст расположен в pdf ПОД изображением, можно его сделать видимым в djvu путем установки его заливки черным (или любым) цветом (свойства текста-кнопка Заливка). По умолчанию на кнопке стоит знак вопроса. Но текст при этом начинает немного двоиться. Пока всё.
По поводу Временных папок - попробуй все переменные Temp (и пользовательские и системные) перенаправить на другой раздел, ну и файл подкачки тоже. Или разбить исходный pdf на несколько файлов и перекодировать их в djvu по-отдельности, собрав потом в единый файл.