Флешки, если не ошибаюсь, копируются в интернетовский КЭШ, для IE это папка Temporary Internet Files. Там и хранятся swf файлы. Иногда они сами удаляются после закрытия флешки, т.е. открываешь Флеш, далее заходишь в папку КЭШа, копируешь в дуругую папку. Наслаждаешься.
Неско лет так выдираю флешки и ниразу никакими спец. утилитами не пользовался, не вижу смысла.